Parthenon đã tồn tại như một ngôi đền của thần Athena mà đã bị đóng cửa hàng ngàn năm. Nó chắc chắn vẫn còn nguyên vẹn cho đến thế kỷ 4 sau công nguyên, cùng thời với Nhà thờ Đức Bà ở Paris ngày nay và lâu đời hơn Nhà thờ Thánh Phêrô ở Roma. Nhưng vào thời gian đó Athens đã bị chuyển thành một thị trấn của Đế chế Roman, mặc dù nó đã có một quá khứ huy hoàng. Vào thế kỷ thứ 5, thỉnh thoảng những tranh tượng tôn giáo lớn của Athena đã bị lấy mất bởi một trong các vị Hoàng đế, và được mang tới Constantinopolis, và sau này nó đã bị huỷ hoại tại đó, có thể là vào thời kỳ thành phố bị giảm sút uy tín trong cuộc thập tự chinh thứ 4 vào năm 1204.

Một thời gian ngắn sau, Parthenon đã được chuyển sang thành một nhà thờ Cơ đốc giáo. Vào thời kỳ Đế quốc Byzantine nó trở thành nhà thờ của Parthena Maria (Mary Đồng trinh), hay còn gọi là nhà thờ Theotokos. Vào thời kỳ đế chế Latin công trình trở thành nhà thờ Công giáo Rôma của Đức Mẹ đồng trinh. Sự chuyển đổi từ ngôi đền thành nhà thờ đòi hỏi đến việc di chuyển các hàng cột bên trong và một vài bức tường phòng thờ và tạo ra một hậu đường ở phần cuối phía Đông công trình. Điều này chắc chắn sẽ dẫn đến việc di chuyển và phân tán một vài điêu khắc kiến trúc. Những vị thần được miêu tả cũng được thể hiện lại theo chủ đề Cơ đốc giáo hoặc bị mang đi chỗ khác và tiêu hủy.

Vào năm 1456, Athena rơi vào tay đế chế Ottoman và Parthenon lại được chuyển đổi lần nữa, trở thành nhà thờ Hồi giáo. Với một nhận thức đối lập lại với nhận thức của đế chế cũ, người Ottoman nói chung tôn thờ các công trình cổ ở trong chủ quyền đất nước họ và không cố tình hủy hoại những công trình cổ xưa của Athena, mặc dù họ không có một chương trình bảo vệ chúng thực sự. Tuy nhiên, trong nhiều thời gian chiến tranh họ đã tự phá hủy chúng để cung cấp nguyên liệu cho những bức tường và công sự. Một ngọn tháp đã được xây thêm vào Parthenon, cái mà nền cùng với cầu thang của nó hiện vẫn còn sử dụng được, đã dẫn trên cao tận architrap và từ bên ngoài không thể nhìn thấy được chỗ này; ngoài ra, công trình không bị hủy hoại gì thêm. Các vị khách tham quan châu Âu trong thế kỷ 17, cũng như một vài người đại diện cho Acropolis đã chứng thực rằng công trình vẫn còn nguyên vẹn.

Vào năm 1687, đền Parthenon đã phải chịu một sự hủy hoại lớn nhất khi Cộng hòa Venezia dưới thời Francesco Morosini tấn công Athena, và người Ottoman đã phải bảo vệ Acropolis và sử dụng công trình như một kho chứa thuốc súng. Vào ngày 26 tháng 9, một quả pháo đại bác của người Venezia bay từ quả đồi của Philopapus, tới và làm nổ kho thuốc súng và làm cho công trình đã bị phá hủy một phần. Những cấu trúc bên trong đã bị phá hủy, những gì còn lại của mái đã bị sập và một vài cột chống, đặc biệt ở cạnh phía Nam, đã bị chặt gãy. Các điêu khắc bị hư hỏng nặng. Nhiều thứ đã bị rơi xuống sàn và những kỷ vật sau này đã được làm từ những mảnh vỡ này. Sau trận chiến, rất nhiều bộ phận của công trình bị bỏ đi và một nhà thờ Hồi giáo nhỏ hơn đã được xây lên.

Vào cuối thế kỷ 18, có nhiều người châu Âu khác đã tới Athena và phong cảnh về những hư hại, đổ nát Parthenon đã được vẽ lại rất nhiều, gợi lên những sự cảm thông của người Anh và người Pháp cho nền độc lập của Hy Lạp. Vào năm 1801, viên đại sứ Anh ở Constantinople, Thomas Bruce, đã đệ trình một firman (giấy phép) từ Sultan để làm ra các bản quy hoạch và bản vẽ về những công trình cổ xưa ở Acropolis, để phá bỏ những công trình mới xây dựng gần đây nếu chúng làm hỏng sự quan sát các công trình cổ và để tháo dỡ các điểu khắc từ chúng. Ông đã lấy giấy phép này để thu thập tất cả những điêu khắc mà ông có thể tìm thấy. Ông đã cho tuyển dụng những người địa phương để gỡ bỏ chúng ra khỏi các công trình, một vài thứ thì ông tìm được ở trên các mặt sàn và một vài mảnh nhỏ hơn thì ông mua từ người dân địa phương.

Ngày nay, những điêu khắc này được nhìn thấy trong Bảo tàng Anh, nơi chúng có tên là Elgin Marbles hay Parthenon Marbles. Những điêu khắc khác từ Parthenon cũng có ở Bảo tàng Louvre tại Paris và ở Copenhagen. Phần lớn các vật còn lại ở Athena, trong bảo tàng Acropolis và được đặt ở dưới sàn, cách một vài mét về phía Đông Nam của Parthenon. Một vài điêu khắc vẫn có thể được quan sát trực tiếp ở công trình. Chính phủ Hy Lạp đã tiến hành một chiến dịch trong nhiều năm với bảo tàng Anh để có thể mang trả lại những điêu khắc trên về Hy Lạp. Nhưng bảo tàng Anh đã từ chối thẳng về việc xem xét điều này và chính phủ Anh đã miễn cưỡng phải ép bảo tàng làm việc như vậy (cái việc mà có thể đòi hỏi đến pháp chế).

Khi Hy Lạp giành được độc lập và lấy được quyền kiểm soát Athena vào năm 1832, những phần nhìn thấy được của ngọn tháp đã bị chuyển đi khỏi Parthenon và tất cả những công trình thời trung cổ và thời Ottoman có ở Acropolis cũng đã bị di chuyển đi. Khu này trở thành một khu vực lịch sử, có rào cấm và do chính phủ Hy Lạp kiểm soát. Ngày nay, nó là địa điểm hấp dẫn hàng triệu người du lịch mỗi năm, những người đã du lịch từ phía cuối Tây của Acropolis, qua Propylaea và lên đường Panathenaic tới Parthenon, nơi được bao vây bởi một hàng rào thấp để chống sự hư hại.